In Madagascar 3 sind der Löwe Alex, das Zebra Marty, die Giraffe Melman und das Nilpferd Gloria auf ihrem Rückweg von Afrika nach New York. Leider kommen sie nicht sehr weit, denn durch die Tollpatschigkeit der drei Pinguine landen sie nicht im Zoo, sondern am Strand von Monte Carlo. Nach Europa darf aber nicht jeder einreisen, schon gar keine Afrikaner, und so haben sie bald den Tierschutz-Beauftragten Captain Chantel DuBois auf ihren Fersen. Um nicht zurück nach Afrika verfrachtet zu werden, suchen sie Unterschlupf in einem Wanderzirkus. Dort hat der Sibirische Tiger Vitaly das sagen, aber trotz Attraktionen wie dem dem Jaguar Gia oder dem Seelöwen Stefano ist der Zirkus so gut wie pleite. Zum Glück haben die Neuzugänge in New York genügend Zoo-Erfahrung gesammelt, um zu wissen, wie modernes Show-Bussines funktioniert. In ihrer neuen Tarnung bringen sie den Zirkus auf Vordermann und reisen quer durch ganz Europa, bis sie zum großen Finale von Madagascar 3 in London eintreffen.