1912: Der junge Indiana Jones (River Phoenix) versucht einigen Grabräubern das Kreuz von Coronado zu entwenden, um es in ein Museum zu bringen. Dabei erfahren wir, woher seine Vorliebe für die Peitsche und seinen Hut sowie seine Abneigung gegen Schlangen kommt.\r\nNach einem Zeitsprung ins Jahr 1938 kämpft Indie (diesmal gespielt von Harrison Ford) wieder um das Kreuz von Coronado und schafft, es diesmal in seinen Besitz zu bekommen. Kurz darauf wird Indie vom Millionär Walter Donovan (Julian Glover) gebeten, den Heiligen Gral zu finden. Dieser soll Kräfte besitzen, die den Weg zur ewigen Jugend ebnen. Indies Vater Henry Jones Sr. (Sean Connery) hat sein Leben lang nach dem Gral gesucht und wurde kurz zuvor von Nationalsozialisten entführt. Indie schickte er noch ein Tagebuch mit seinen wichtigsten Aufzeichnungen. Damit macht er sich auf die Suche nach dem Gral und trifft dabei auf Dr. Elsa Schneider (Alison Doody). Als er erfährt, dass sowohl Schneider als auch Donovan mit den Nazis gemeinsame Sache machen und sein Vater in Lebensgefahr schwebt, muss Indiana Jones sich beeilen.