Agent 47 (Rupert Friend) ist ein unbarmherziger Profikiller, der nach jahrelanger Forschung und 46 vorangegangenen Klonversuchen in einem Genlabor herangezüchtet wurde, um mit gesteigerter Stärke, Intelligenz, Schnelligkeit und Ausdauer als perfekte Tötungsmaschine zu fungieren. Sein neuester Auftrag führt ihn nach Berlin, wo er die junge Katia (Hannah Ware) ins Visier nimmt, die nach einem verschollenen Mann sucht und über eine übernatürlich geschärfte Wahrnehmung verfügt. Plötzlich taucht der mysteriöse John Smith (Zachary Quinto) auf, der Katia vor 47 beschützt und mit ihr in die amerikanische Botschaft flüchtet. Doch auch dort sind sie nur scheinbar sicher. Schließlich haben auch noch der skrupellose Geschäftsmann Le Clerq (Thomas Kretschmann) und sein ominöser, fast allmächtiger Konzern ihre Hände im tödlichen Spiel...