Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette: die X-Men, geboren mit einer einzigartigen genetischen Mutation, die ihnen außerordentliche Fähigkeiten verleiht. Die Augen von Cyclops (James Marsden) können einen Energiestrahl freisetzen, Rogue (Anna Paquin) besitzt die Fähigkeit Körperenergie von anderen Personen zu absorbieren, Jean Grey (Famke Janssen) ist telekinetisch begabt, Wolverine (Hugh Jackman) besitzt unglaubliche Selbstheilungskräfte sowie ein durch Adamantium verstärktes Skelett und Storm (Halle Berry) kann das Wetter manipulieren. In einer mit Hass und Vorurteilen erfüllten Welt sind sie Ausgestoßene. Doch unter der Führung von Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) haben sie gelernt, ihre Fähigkeiten zum Wohl der Menschheit einzusetzen. Gemeinsam kämpfen sie darum, eine Welt zu beschützen, die sie fürchtet. Sie stellen sich der gefährlichsten Bedrohung der menschlichen Zivilisation: Magneto (Ian McKellen), ein skrupelloser Mutant, der die Zukunft in seine Gewalt bringen will – auch wenn es das Ende bedeutet… der Menschheit… oder der Mutanten.